一、本病需与纵隔肿瘤、心绞痛、食管神经官能症及食管癌、贲门癌等进行鉴别：
纵隔肿瘤在鉴别诊断上并无困难。心绞痛多由劳累诱发，而本病则为吞咽所诱发，并有咽下困难，此点可资鉴别。食管神经官能症（如癔球症）大多表现为咽至食管部位有异物阻塞感，但进食并无梗噎症状。食管良性狭窄和由胃、胆囊病变所致的反射性食管痉挛。食管仅有轻度扩张。本病与食管癌、贲门癌的鉴别诊断最为重要。癌性食管狭窄的X线特征为局部粘膜破坏和紊乱;狭窄处呈中度扩张，而本病则常致极度扩张。
贲门失弛缓症的X线诊断一般并不困难,典型的X线表现为食管下端呈鸟嘴状狭窄。但贲门癌特别是缩窄型型癌亦可使食管下端呈鸟嘴状狭窄,钡剂通过困难,与贲门失弛缓症难以鉴别。值得注意的是,贲门失弛缓症可以并发食管癌或贲门癌,发生率为315%。原因可能为食管黏膜长期受到潴留物刺激,发生溃疡,黏膜上皮增生恶变等。故对于高龄,病程较短,症状不典型的病例,诊断贲门失弛缓症需慎重,对于已确诊多年的贲门失弛缓症患者也应警惕癌变的可能。
二、本病还需区分原发性与继发性的贲门失弛缓症
贲门失弛缓症有原发和继发之分,后者也称为假性贲门失弛缓症（pseudoachalasia）,指由胃癌、食管癌、肺癌、肝癌、江胰腺癌、淋巴瘤等恶性肿瘤、南美锥虫病、淀粉样变、结节病、神经纤维瘤病、嗜酸细胞性胃肠炎、慢性特发性假性肠梗阻等所引起的类似原发性贲门失弛缓症的食管运动异常
