本病主要表现为化脓性肉芽肿，在早期的溃疡内及晚期的巨噬细胞或组织内均可见到厚壁芽生孢子。根据本病的传播途径、发病部位及病程转归，可分为4型：
1.原发性肺芽生菌病由呼吸道吸入真菌孢子引起肺泡炎，巨噬细胞浸润，其后又有嗜中性粒细胞浸润，引起脓肿及肉芽肿性损害，有如原发性肺结核或组织胞浆菌病，可有干咳、胸痛、低热、呼吸障碍等症状。日久病情渐重，常可波及两肺，但甚少有空洞形成。X线仅见肺门淋巴结肿大或原发性肺结核样改变，后期则可似肿瘤或其他深部真菌感染。多数病例可以自愈，少数则可转变成播散性芽生菌病。
2.慢性皮肤及骨骼芽生菌病最常见的是肺外感染。皮损常在身体的暴露部位，如手、足、头、面等处，而头皮、掌跖很少波及。初期为丘疹或脓疱，渐向四周扩大而成一边缘高起的暗红色疣状斑片或结节，其内为很多小脓肿，压之有脓液排出，中央有黑色结痂，可转成溃疡。皮损愈合后留下萎缩性瘢痕，但在瘢痕上又可出现新的皮损。此外，咽喉部等黏膜也可受累及，但附近淋巴结常不肿大，无自觉症状。本型预后较佳。25%～50%的患者可伴有骨芽生菌病，以阻塞性骨溶解或单关节炎为主。可发生于脊椎、肋骨、头骨、长骨等处，后者最为常见，并见其骨骺端有局灶性或弥漫性骨髓炎，有如结核性肉芽肿。发生关节病损时常可发热，局部肿胀、化脓，有时可出现一个渗出性窦道。
3.系统性芽生菌病常由肺或皮肤、骨骼的原发病灶经血液循环播散，以骨、肺、皮肤最易波及，而骨骼受累者占大部分，其中肋骨及脊椎病变最为多见。X线检查见骨质破坏及增生。95%的患者有肺门淋巴结肿大，并向周围扩散。皮损则以躯干为主，常为多发性脓肿，其他如肝、脾、肾、脑、前列腺等均可被感染。全身淋巴结肿大，可有发热、消瘦、乏力等症状。
4.接种性芽生菌病当手指接触患者尸体后，可发生接种性感染，出现如下疳样的顽固性溃疡，伴有淋巴管炎及局部淋巴结肿大。此型可自愈而不扩散。
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