由于纤维肌痛综合征的病因不明，因此对它的治疗方法不多；目前的治疗主要是改善睡眠状态，减低痛觉感受器的敏感性，改善肌肉血流等。治疗方面最重要的一点是给病人解释。首先，病人应清楚地知道纤维肌痛综合征并不会造成残疾，更不会危及生命，预后良好，从而得到莫大的安慰，以解除病人的焦虑和抑郁。有精神或情绪创伤诱因的应予以排解。这就是说，精神治疗是比药物治疗更重要的一个方面。病人应努力改善睡眠，以积极的态度配合治疗；平时应注意保暖，避免寒冷与潮湿；适当地进行体育锻炼，以增强体质。
在药物治疗方面，目前较理想的药物为：
阿米替林10毫克，可根据情况，缓慢增至20―30毫克，或胺苯环庚烯（舒络平）10―40毫克，均为睡前一次服。它们具有抗抑郁、解除肌痉挛达到改善睡眠等作用。其副作用有口于、咽痛、便秘。由于应用剂量较小，病人大多可以耐受。
另外，氯唑沙宗能减轻肌疼痛与全身僵硬感，每次0．2克，每日3次。
针灸、按摩、交感神经阻断、痛点封闭等也可试用。
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