诊断：主要根据临床表现、血象、放射学和内镜加病理检查结果进行诊断。
1.Talley标准
（1）存在胃肠道症状。
（2）活检病理显示从食管到结肠的胃肠道有1个或1个以上部位的嗜酸性粒细胞浸润，或有放射学结肠异常伴周围嗜酸性粒细胞增多。
（3）除外寄生虫感染和胃肠道以外嗜酸性粒细胞增多的疾病，如结缔组织病、嗜酸性粒细胞增多症、克罗恩病、淋巴瘤、原发性淀粉样变性Menetrieri病等。
2.Leinbach标准
（1）进食特殊食物后出现胃肠道症状和体征。
（2）外周血嗜酸性粒细胞增多。
（3）组织学证明胃肠道有嗜酸性粒细胞增多或浸润。
实验室检查：
1.血液检查80%的病人有外周血嗜酸性粒细胞增多，黏膜和黏膜下层病变和肌层病变为主的病人（1～2）×109/L，浆细胞病变为主时，可达8×109/L。还可有缺铁性贫血，血清白蛋白降低，血IgE增高，血沉增快。
2.粪便检查酸细胞性胃肠炎粪便检查的意义是除外肠道寄生虫感染，有的可见到夏科-雷登（Charcot-Leyden）结晶，便常规检查潜血呈阳性，有些病人有轻中度脂肪泻。Cr标记白蛋白增加，α-抗胰蛋白酶清除率增加，D-木糖吸收试验异常。
其他辅助检查：
1.X线检查嗜酸细胞性胃肠炎缺乏特异性，X线钡餐可见黏膜水肿，皱襞增宽，呈结节样充盈缺损，胃肠壁增厚，腔狭窄及梗阻。
2.CT检查可发现胃肠壁增厚，肠系膜淋巴结肿大或腹水。
3.内镜及活检适用于黏膜和黏膜下层病变为主的嗜酸细胞性胃肠炎。镜下可见黏膜皱襞粗大、充血、水肿、溃疡或结节，活检从病理上证实有大量嗜酸粒细胞浸润，对确诊有价值。但活检组织对于肌层和浆膜层受累为主的病人价值不大，有时需经手术病理证实。
4.腹腔穿刺腹水病人必须行诊断性腹腔穿刺，腹水为渗出性，内含大量嗜酸性粒细胞，必须做腹水涂片染色，以区别嗜酸性粒细胞和中性粒细胞。
5.腹腔镜检查腹腔镜下缺乏特异性表现，轻者仅有腹膜充血，重者可类似于腹膜转移癌。腹腔镜检查的意义在于进行腹腔黏膜组织活检，得到病理诊断。
6.手术探察对于怀疑嗜酸细胞性胃肠炎一般不行剖腹探查术来证实，但当有肠梗阻或幽门梗阻或怀疑肿瘤时才进行手术。
鉴别诊断
1.消化不良嗜酸细胞性胃肠炎病人可有腹痛、恶心、呕吐、腹胀等消化不良症状，但常缺乏特异性，对于以消化不良为表现的病人要与消化性溃疡、反流性食管炎、胃癌、慢性胰炎等鉴别。
2.肠梗阻肌层型常可发生肠梗阻，要注意除外胃肠肿瘤和肠道血管性疾病等。
3.腹水多见于浆膜型嗜酸粒细胞性胃肠炎。腹水常规和生化检查，腹水CEA检测，腹水病理检查有助于疾病的诊断。
4.嗜酸性粒细胞增多症是一种病因未明的全身性疾病，它也可累及胃肠道。60%累及肝脏、14%累及胃肠道，弥漫性嗜酸粒细胞性胃肠炎除胃肠道外，常有50%累及胃肠道外的器官。
5.肠道寄生虫感染可引起各种非特异性消化道系统症状，同时出现外周血嗜酸性粒细胞增多。反复检查粪便虫卵可以鉴别。
6.变态反应性疾病支气管哮喘、过敏性鼻炎、荨麻疹，除可有外周血嗜酸性粒细胞增高外，各有其临床表现。
7.嗜酸性肉芽肿主要发生在胃、大小肠，呈局限性包块，外周血嗜酸性粒细胞一般不升高，病理学特点为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中。
8.风湿性疾病各种血管炎，如变态反应性肉芽肿病（Churg-Strauss综合征）和结节性多动脉炎，其他结缔组织病如硬皮病、皮肌炎和多发性肌炎可累及胃肠道，出现腹痛、消化不良等症状，可出现不同程度的外周血嗜酸性粒细胞增多。小肠黏膜活检有助于鉴别诊断。
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