1跖骨也存在特异性畸形，畸形轻者跖骨头向一侧偏斜，畸形重者跖骨头呈圆柱状，干骺端或骨骺缺失，有半数患者第2~5趾的中节和远节趾骨融合。
FOP患者的手部畸形，包括第1掌骨、大拇指短，小指的中节指骨亦短，小指弯曲，掌指骨畸形总伴随脚趾畸形出现，不单独出现，而足趾畸形可以不伴发手畸形。FOP患者常见颈椎畸形，幼年时颈椎畸形表现为椎体小而高，椎弓相对较大，棘突大，随年龄增长逐渐发展为颈椎骨性融合，颈椎融合者不一定合并颈项部的肌肉及筋膜的异位骨化。此外，股骨颈短宽也是一个常见的畸形，发病率约为59%［16］。
3.2软组织肿胀与骨化软组织肿胀及骨化在大部分病例为自发性出现，小部分病例继发于外伤、骨折、手术创伤、活检、深部肌肉注射、不谨慎的穿刺以及牙科治疗。ConnorJM［16］的报道中有10位患者进行了20次异位骨化的切除术，术后4个月有9位患者在手术部位复发，仅一例患者未复发。
异位骨化易出现在某些区域，包括脊柱旁肌、肢带肌和咀嚼肌，关节囊、韧带和足底筋膜也常受累。异位骨化发展方向：从躯体中轴到四肢，从头到足，从四肢近端到远端，从背侧到腹侧，累及腹壁不太常见，表情肌、眼外肌、舌、咽、食管、括约肌、肠道和皮肤未见受累报道。
异位骨化为双侧对称性，身体左右两侧病变情况一致，最初的异位骨化最常见于颈部（49%～59%），其次为脊柱旁（32%～45%）和肩（45%），较少见的是四肢（12%）及头部（9%）。61%的患者在一个以上部位同时发生异位骨化，其中27%的患者在颈部、脊柱旁、肩3个部位同时出现异位骨化，其骨化出现年龄为6～7岁，髋、肘、膝、踝、下颌关节异位骨化出现年龄较晚，为13～18岁。FOP在各个部位的病变均按一定规律进展，早期（数周以内）：软组织出现疼痛、肿胀、发热、触痛及皮肤红斑，肿块可能退化，也可能继续发展；中期（几周之后）：上述症状逐渐消退，病灶变硬；晚期（约12周后）：软组织肿胀完全消失，遗留下固定、坚硬的无触痛结节，其大小、形态各异，软组织肿胀出现4～6个月后，X线检查可显示骨性病灶形成，大关节周围的骨性强直导致严重的功能障碍。
1990～1996年期间，宾夕法尼亚大学医疗中心FOP工作组研究了110例FOP患者的资料，其中79例保存了胸部X线片，研究者发现49%的病例存在肱骨与胸壁间的骨性连接，其中86%合并肩关节半脱位；51%的病例无肱骨与胸壁间骨性连接，这部分患者均无肩关节半脱位。上述异常征象在不同年龄组的出现率差异有显著性，在＞18岁组（骨骼成熟组）为74%，而＜18岁组（骨骼未成熟组）中仅为21%［18］。
HBJanoff等学者［19］发现FOP患者下颌下区肿胀及骨化的发病率为11%，这部分病例的颈椎均强直骨化，大部分病例已发生下颌关节强直。与身体其他部位的异位骨化相似，下颌下区肿胀及骨化大多数为无明显诱因自发性出现，少数病例继发于外伤或舌下注射。发生下颌下区病变的年龄差异很大，无显著规律性。下颌下区病变使口腔底部肿胀并使舌根移位，可出现严重并发症，即急性上气道梗阻，需进行紧急气管切开或气管插管。
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