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1.肠梗阻 ：为Crohn病较为常见的并发症，北京一组病例中占66%，肠梗阻的原因多见于纤维性狭窄的形成，也可由于急性炎症水肿 所致，少数由于脓肿或粘连包块压迫引起，肠梗阻开始为不完全性梗阻，经保守治疗可迅速缓解，可反复出现，最终出现完全性肠梗阻。
2.瘘管形成：病变侵及肌层及浆膜层，如进一步发展，与另一小肠肠段，结肠或邻近的内脏粘连穿透则形成内瘘，如瘘管通向膀胱，阴道，则尿道及阴道中排出肠内容物，肠瘘 管可无症状或大量的腹泻 (这取决于消化道中的流通量)，瘘管可向外延伸至皮肤，称为外瘘，往往发生于术后吻合口,也可能发生于无手术患者，常在肛门周围，偶尔在鼠蹊部或腰部出现，外瘘说明有广泛的肠周围炎，常被认为是手术治疗指征，瘘管发生率国外报道多为40%左右，北京一组病例中瘘管发生率为11.7%。
3.腹腔脓肿 ：腹腔内瘘，如窦道继发感染则形成腹腔脓肿，好发部位多在相当于末段回肠的右下腹，其次是肝脾曲部位，临床表现为发热和腹痛 ，可出现具有压痛的包块，伴白细胞增高，CT，B超有助诊断，脓液培养多为革兰阴性菌属。
4.消化道出血 ：上下消 化道均可出血，以结肠病变所致便血 较为多见，隐匿性慢性出血多于可见性出血，有报道可见性出血占17%～25%，少数病例可发生严重失血，常致缺铁性贫血 。
5.肠穿孔：Crohn病发生肠穿孔是较少见的，这是因为受累肠管的浆膜面往往与邻近的结构粘连，北京1组病例中肠穿孔占10%。
6.癌变：Crohn病癌变发生率较正常人群高，西方国家报道为1%～3%，长期活动的患者，病变部位的肠段发生癌变的风险大，Crohn病患者患小肠癌的危险高于正常人群的100倍，但由于正常人群中小肠癌很少见，所以Crohn病小肠癌变的绝对危险还是相当低的，结肠型Crohn病患者结肠癌 的危险仍在争论中，有证据表明，当病变范围较大时，其癌变的危险性较高。
