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本病诊断有赖于病原体的分离及血清学的检查，基因诊断对于确立该病十分重要。
1.衣原体培养：抽取有波动的淋巴结内的脓液接种于小鼠的脑组织或鸡胚卵黄囊或McCoy细胞（细胞已取代前二者）可分离出病原，但敏感性不高。
2.血清学检查：目前最有帮助的血清学方法是补体结合试验 ，本试验很敏感，于感染4周后出现阳性，当查到高水平抗体（1：64）时有诊断意义，但本试验对性病性淋巴肉芽肿并无特异性，仍要结合临床进行分析。
3.微量免疫荧光试验及酶联免疫吸附试验 ，亦已被应用，它们有一定的敏感性和特异性，可用于鉴别及筛选用。
4.基因诊断。
