先天性感染的婴儿可仅表现为巨细胞病毒尿，除此之外无异常。严重时CMV感染可引起流产，滞产或出生后死于出血，贫血或广泛的肝脏或中枢神经系统损伤（参见第260节新生儿感染中的先天性和围产期巨细胞病毒感染）。
后天获得性感染无论是出生后或是一生中任何时候获得的CMV感染常常是无症状的。巨细胞病毒单核细胞增多症或巨细胞病毒性肝炎可为一种急性发热性疾病。
免疫功能抑制患者的CMV是这类患者的主要发病和致死原因。因潜伏病毒的再活动而发病，可累及肺，胃肠道或中枢神经系统。在艾滋病晚期，CMV感染常引起视网膜炎及结肠或食管溃疡性疾病。
输液后/输血后综合征。在输入含有CMV的新鲜血后2~4周，可发生输血后综合征，其特点为发热持续2~3周，伴有不同程度的肝炎，脾肿大以及特征性的非典型淋巴细胞增多症，与传染性单核细胞增多症相似。病情与自发性CMV单核细胞增多症相似，但脾肿大更常见。
