造成性幼稚病的原因是错综复杂的，大致可分为如下两大类：
1. 原发性性幼稚病
它指的是，睾丸或卵巢先天就有问题。
男性方面主要是一种先天性睾丸发育不全症，又称"克利弗脱症"。此人外表是男性，但乳房肥大，睾丸缩小，精液很少，而且没有精子，不能生育。所有的男性特征，例如胡须、喉结、低沉的声调等，他都一概没有。另一种是无睾症，即身体里根本没有睾丸。
对于女性来说，主要是先天性卵巢发育不全症，又称作"脱纳综合征"。患者外表是女性，但体形矮小，面容呆板，外生殖器与乳房都不发育，闭经，不会生孩子，有的人还伴有四肢、心脏、肾脏等畸形。另外有些女子体内没有卵巢，因而没有雌激素激发性征。
2. 继发性性幼稚病
这种人并不是因为睾丸和卵巢有问题，而是由于控制这两个内分泌腺的下丘脑和脑垂体出现了异常。当下丘脑有炎症、肿瘤、损伤或先天性异常时，当脑垂体功能减退，尤其是患了侏儒症后，性幼稚现象也会悄悄地出现。
除了上述原因外，在我国过去血吸虫病流行的地区，有些人在感染血吸虫病后，也会出现生长发育障碍，性腺发育不良，从而出现矮小症和性幼稚症。
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