在抗真菌治疗的同时，应积极治疗原发病并尽可能停用广谱抗生素、糖皮质激素和免疫抑制剂等。还可应用一些免疫增强剂辅助治疗，如胸腺素5mg肌内注射，每2天1次。亦可用转移因子、粒细胞单核细胞集落刺激因子等。皮肤病变可采取局部治疗加药物治疗。系统性感染须全身治疗。
1.药物治疗皮肤型与皮下组织型暗色丝孢霉病首选伊曲康唑口服1～4mg/d，疗程1～48个月。约半数病人有效。其他药物无效者，也可试用该药。氟康唑对链格孢霉感染有效，首次剂量为4mg，静脉滴注，以后减至1～2mg/d，一般用药1个月后症状改善，3个月显著改善。严重的系统感染需用两性霉素B或与氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）联合治疗，但仅对部分病人有效，且颅内感染无效。两性霉素B的用法为，成人初始剂量1～5mg/d，静脉滴注，以后每天增加2.5～5mg，直至.7mg/（kg・d）。氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）可口服或静脉滴注，常用剂量为每天5～15mg/kg，分3～4次给予，静脉滴注应每次在45min内滴完。曾有人试用两性霉素B与酮康唑联合治疗，亦仅对部分病人有效。两性霉素B用法同上，酮康唑为每天4mg口服。
2.手术治疗孤立的局限性皮损宜早期手术切除。部分病变广泛的皮肤和皮下组织型暗色丝孢霉病，可在全身用药1个月后进行大面积手术切除，术后做自体或异体植皮。孤立的肺部病灶也可考虑手术切除，但这种机会相当少。因为肺部暗色丝孢霉病常伴有其他脏器的病变或有较严重的基础疾病，这些病人往往不宜手术治疗。
