输精管堵塞不是一个独立的疾病，而是多种疾病造成的一种症状。治疗时首先应针对原发病治疗，如抗炎、抗痨、抗肿瘤等，亦可将堵塞处切除后进行断端吻合，个别情况下可直接从附睾处吸取精子进行人工受精。
输精管道梗阻所致不育的治疗原则以手术治疗为主，如：输精管―附睾吻合术、输精管吻合术、人工精池术、射精管口尿道内切开术等，并配合抗炎，改善生精功能，提高精液质量，抑制机体产生抗精子抗体等辅助治疗，对于手术治疗失败及不愿接受手术治疗的输精管道梗阻不育症患者可行附睾、睾丸穿刺抽吸取精子行卵子胞浆内单精子注射（ICSI）。
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