肾结核和肾积水治疗的先后决定于肾积水和肾功能损害的程序及需要解除梗阻的迫切性。在一般病例如肾机能较好，应在抗结核药物的配合下先行患肾切除术，使病人情况进一步改善后再治疗肾积水。如肾积水严重，肾机能很差，或继发感染时，则应在抗结核药物的配合下先行积水侧肾造瘘术，待病人情况好转后再行患肾切除术。 肾结核对侧肾积水容易与下列疾病混淆:
主要是膀胱炎和血尿的鉴别诊断。①非特异性膀胱炎常突然发生，反复发作，时轻时重，血尿常与膀胱刺激症同时发生。而肾结核引起的结核性膀胱炎从尿频开始，逐渐并持续加剧。血尿都是膀胱刺激症状后一段时间出现，但有时也可合并非特异性感染，约占20%～60%。其中最多见的是大肠杆菌感染。②尿道梗阻性病变引起的膀胱刺激症状均在排尿困难症状以后发生，多数伴有非特异性感染。膀胱结石的膀胱炎在排尿时可有尿线突然中断，伴有尿道内剧烈疼痛。膀胱肿瘤的膀胱刺激症状都在长期无痛血尿以后出现，此时肿瘤已有浸润波及邻近三角区。而肾结核血尿多在长时间尿频以后，以终末血尿为其特点。
所以应该做以下的检查加以鉴别
尿液检查：尿常规为酸性，有少量蛋白及红、白细胞。24小时尿结核杆菌检查是诊断肾结核的重要方法。尿中确实查到结核杆菌对诊断肾结核有决定性意义。
膀胱镜检查：膀胱粘膜可见充血、水肿、结核结节及溃疡等以三角区及患例输尿管口附近为明显。晚期膀胱结核使整个膀胱充血、水肿、呈一片通红。
X线检查：X线检查在确定肾结核的诊断，明确病变的部位、范围、程度及对侧肾脏情况等方面有决定性意义。
B型超声检查：早期无异常发现。肾组织明显破坏时，多出现异常波型并伴有肾体积增大。结核性脓肾则在肾区出现液平段。
同位素肾图检查：患肾功能减退时表现为排泄延缓，甚至无功能。对侧肾积水时出现梗阻性图形。
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