急性胃肠炎病情较轻者常不需要特殊治疗，一般可在1～2天内自愈，只需要注意饮食的调整即可（如进食易消化的细面条、稀饭等，禁食生硬、辛辣的食物）。中、重度的病人由于严重的呕吐和腹泻，丢失大量液体，需要到医院补充水分及电解质。在治疗药物方面，主要有抗生素、调整肠道菌群的微生态制剂、针对腹痛呕吐等症状的药物等。
急性胃肠炎的用药指南一：抗生素
氟哌酸：对肠道致病菌有良好疗效，为首选药物。
口服，每次2克，每日3次。
儿童、孕妇和哺乳妇女不宜用，有恶心、呕吐、头晕、皮疹、白细胞减少、转氨酶增高等不良反应。
环丙沙星：环丙氟哌酸
抗菌能力强于诺氟沙星。
口服，每次0.25～0.5克，每日2次;静脉滴注，每次0.2克，每日2次。
可乐必妥利复星
抗菌能力强于环丙沙星。
口服，每次0.1克，每日2次。静脉滴注，每次0.2克，每日2次。
急性胃肠炎的用药指南二：微生态制剂
进入肠道后，产生抗菌活性物质，促进有益菌生长，抑制致病菌生长。
口服，每次500毫克，每日3次，首次加倍。
勿和抗生素同时服。剂量加倍时可有便秘。
