急性肺脓肿的感染细菌为一般上呼吸道、口腔的常存菌。常为混合感染包括需氧和厌氧的革兰氏阳性与阴性球菌与杆菌。其中最常见的病原菌为葡萄球菌、链球菌肺炎球菌、梭形菌和螺旋体等。厌氧菌对肺部化脓性感染的重要性由于培养技术的改进，近年来才被重视。较重要的厌氧菌有胨链球菌胨球菌、核粒梭形杆菌、类杆菌属瓦容球菌、螺旋体等。除上述厌氧菌外还有需氧或兼性厌氧菌存在。近年国外报道嗜肺军团杆菌所致肺炎，约有25%形成脓肿。
