因为胰腺炎和急性肾盂肾炎疼痛的部位和性质相似，因此急性肾盂肾炎有时可误诊为胰腺炎。血清淀粉酶升高，尿液检查正常有助于胰腺炎的确诊并可排除急性肾盂肾炎。
基底部肺炎是一种引起肋下疼痛的发热性疾病，但其疼痛有胸膜炎性质，胸部X线检查有异常表现。
有时急性阑尾炎、胆囊炎、憩室炎等急腹症必须与急性肾盂肾炎相鉴别，尽管早期的症状和体征相似，但尿液分析和其他实验室检查有助于鉴别诊断。
在男性患者，急性肾盂肾炎须要与急性前列腺炎、急性附睾睾丸炎相鉴别。
此外，急性肾盂肾炎还须与肾脓肿、肾周围脓肿鉴别。
如确诊为急性肾盂肾炎，应及早在医生的指导下采取相关治疗措施：
1）症状消失之前应卧床休息，疼痛发热和恶心等可用药物对症处理。鼓励多喝水或静脉补液，以维持足够的体液和尿量。
2）对感染严重或并发于肾脏疾病、尿路畸形的急性肾盂肾炎患者，需住院治疗。立即采集血、尿标本进行培养，确定致病菌后作抗生素敏感试验。在药敏试验结果未弄清之前，可凭经验选择抗生素。尽管每个医生选择的抗生素有所不同，但一般可用一种氨基甙类加氨苄青霉素静脉给药。若致病菌对药敏感，临床疗效好，则继续治疗1周，然后改用适当的抗生素口服2周，对引起并发症的因素，如尿路梗阻、结石感染，须尽早发现和治疗，以免并发症的发生。
3）经48～72小时治疗后病情仍无改善，可能是抗生素的选择不当或有各种不利因素（如尿路梗阻）存在。这时应作排泄性尿路造影检查，有禁忌症时则采用逆行尿路造影，除非治疗及时有效，否则并发于尿路梗阻的急性肾盂肾炎可引起菌血症和不可逆的肾脏损害。
4）临床改善并不等于感染的痊愈，三分之一的患者在症状完全改善后仍然有病菌的潜伏。因此治疗期间或治疗后必须重复进行多次尿培养，至少随访半年。
由于未完全发育成熟的肾脏发生急性肾盂肾炎容易引起瘢痕、肾萎缩和肾功能损害，因此对婴幼儿尿路感染应引起高度重视并给予充分治疗。泌尿系统畸形患儿易发生尿路感染和其他并发症，对此患者，有必要进行彻底的泌尿系检查，并矫正尿路畸形，有发生重新感染倾向的患者，必须小心随访，并长期口服抗生素预防感染。
尽管无尿路畸形或肾脏疾病的成年患者很少因急性肾盂肾炎发生持续性肾损害，但病情亦可很严重甚至死亡。必须仔细评价和消除诱发感染或使病情复杂的不利因素。对有感染迁延或可迅速出现重新感染倾向的患者，须长期使用抗生素治疗。
无尿路梗阻等各种不利因素的急性肾盂肾炎患者，如果诊断及时，治疗恰当，则预后良好，可迅速治愈而不遗留任何后遗症。有严重的不利因素和老年患者的预后较差，并可出现严重的后遗症。
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