功能性消化不良病因和发病机制至今尚未清楚，大量研究提示可能与多种因素有关，一般认为，上胃肠动力障碍是FD的主要病理生理学基础，证据是在过半数的FD患者有胃固体排空延缓，近端胃及胃窦运动异常，幽门十二指肠运动失常，消化间期3相胃肠运动异常等胃肠动力障碍的表现，近年研究还发现胃肠动力障碍常与胃电活动异常并存，促胃肠动力学药治疗可使大部分分患者的症状得到不同程度的改善，近年来，内脏感觉受到重视，早期研究发现FD患者胃的感觉容量明显低于正常人，表明患者存在胃感觉过敏。近年研究提示，这种感觉过敏与感觉传入通道异常有关，即正常的内脏传入信号在脊髓，脑的水平被放大，产生过强反应。这就可以解释，FD的症状在有胃排空延迟者是通过机械感受器产生，而在胃排空正常者，则由于中枢信号放大同样可以产生，精神困素和应激因素一直被认为与FD的发病有密切的关系，调查表明，FD，患者存在个性异常，焦虑，抑郁积分显著于高于正常人和十二指肠溃疡组，有调查报道在FD患者辞海中，特别是童年期应激事件的发生频率高于正常人和十二指肠溃疡组，但精神因素的确切致病机制尚示阐明。
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