首先应该根据新生儿的临床表现确定是哪个系统发生了病变如神经系统、呼吸系统、循环系统血液系统、泌尿系统等，这些系统的疾病多属于非器质性呕吐可以按照各系统疾病处理原则治疗。
如果属于消化系统疾病主要根据呕吐的特点、时间和呕吐物的性状，以及呕吐伴随的症状进行进一步定位。
1上消化道
食管和贲门疾病时呕吐物中无胆汁和乳凝块，常伴有溢孔和吞咽困难，多在生后第一天或进食后短其内出现呕吐先天性上消化道闭锁时常伴有羊水过多。胃和幽门疾病时，呕吐物为乳块或乳水可混有血液，但不会出现胆汁。上消化道疾病时钡餐或胃镜检查大部分会得出明确的诊断。
2中消化道
中消化道病变时出现的呕吐物都含有胆汁生后早期出现呕吐，腹胀不明显或仅有胃型，提示病变在空肠上段呕吐物为黄绿色粪便样物质，腹胀明显，则病变多在空肠下段和回肠
3下消化道
主要表现为便秘和腹胀可见到粗大的肠型，有时能触及到粪块。呕吐常在生后一周出现呕吐物为粪便样物质。病变大多在乙状结肠、直肠或肛门手指肛查和钡餐灌肠有助于诊断。
鉴别功能性呕吐或器质性呕吐呕吐发生的时间呕吐的特点、呕吐物的性状、呕吐与饮食关系等对呕吐定性的诊断具有参考价值。呕吐出现早、呕吐较重呕吐顽固、呕吐物中含有胆汁、血液和粪便又有明显的消化道以外的症状和体征时常为功能性呕吐。
鉴别机械性肠梗阻或麻痹性肠梗阻机械性梗阻时腹胀伴有明显的肠型肠鸣音亢进，可闻气过水音，新生儿可以表现为陈发性哭闹呕吐后哭闹可暂时缓解。麻痹性肠梗阻时，腹胀但肠型不清肠鸣音减弱或消失，新生儿往往没有哭闹，而表现为痛苦呻吟貌但是，新生儿表现不典型，尤其是早产儿缺乏特异性的表现这就要求临床医生密切观察病情变化，及时做出正确的处理。
新生儿常需在全身麻醉下进行临床应用较少。胃镜检查可以对粘膜充血、出血水肿、溃疡、瘢痕肿瘤和先天畸形等情况进行直接的观察，对某些食管、胃部疾病具有确诊意义
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