鼻咽癌在临床上症状表现为颈淋巴结肿大、回缩性血涕或鼻出血、鼻塞、面麻、耳鸣听力减退、耳内闭塞、舌肌萎缩和伸舌偏斜等与下列疾病在诊断时症状有相似之处，容易发生混淆，造成不必要的伤害，需要仔细鉴别诊断。
1、鼻咽部淋巴肉瘤：
淋巴肉瘤多发于青年人，原发肿瘤体积较大，经常出现较重鼻塞和耳部症状。该病可以使淋巴结转移至全身多处，也可受累颅神经的损伤但不如鼻咽癌多见最后需要病理确诊。
2、增生性病变：
鼻咽顶壁顶后壁或顶侧壁见单个或多个结节隆起，，如小丘状大小约0.5～1cm结节，表面粘膜呈淡红色光滑，是在鼻咽粘膜或腺样体的基础上发生。亦可由粘膜上皮鳞状化生后角化上皮潴留而形成。表皮样囊肿的改变部分是粘膜腺体分泌旺盛形成潴留性囊肿，当结节表面的粘膜出现粗糙、糜烂、。溃疡或渗血需考虑癌变的可能。应予活检以明确诊断。
3、鼻咽部结核患者：
多有肺结核病史，除鼻阻涕血外还有低热、盗汗、消瘦等症。检查见鼻部溃疡水肿颜色较淡；分泌物涂片可找到抗酸杆菌可伴有颈淋巴结核；淋巴结肿大呈马铃状粘连无压痛。颈淋巴结穿刺可找到结核核菌CT试验强阳性X线胸片常提示肺部活动性结核灶。
4、咽粘膜炎症：
表现为粘膜粗糙，尤其是重度炎症时鼻咽粘膜滤泡增殖表面凹凸，甚至可呈桑椹样表面附有脓性分泌物，常需与粘膜浸润性癌相鉴别。
5、鼻炎：
分为过敏性鼻炎和萎缩性鼻炎两种。过敏性鼻炎表现为鼻咽粘膜苍白光滑呈水肿样；萎缩性鼻炎表现为鼻咽顶前粘膜有浅在性溃疡，周围有脓性分泌物需与溃疡型鼻咽癌相鉴别。
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