肺泡蛋白沉着症的自然史不明,临床症状变化多端.肺泡蛋白沉着症的自然史不明，临床症状变化多端。病变可是进展或保持稳定或自发消失。有些病人无症状,有些出现严重呼吸功能不足。大多数病人出现进行性加重的呼吸困难和咳嗽，常为干咳.吸烟者咳嗽，痰较多。痰的特征一般无助于诊断。少数病人因非细菌性病原体（如诺卡菌属，曲霉菌和隐球菌属）而继发感染.尽管病人近期或现在发热，但持续性发热少见,除非有继发感染。肺外症状不常见。
体征限于肺底，但尽管胸部x线检查有弥漫性肺实变时，也可没有体征.在病变区常可听到细小的吸气性音。
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