所谓同种抗原是指一类来源一致的可以引起免疫反应的抗原。胚胎同种抗原是指来源于胚胎期和胚胎组织的一类抗原，其主要包括有胚胎血型抗原、甲胎球蛋白、癌胚抗原和hla抗原等。
血型抗原：胎儿的血型系统是由父母双方各提供一半的血型染色体既然合组成的一个新的血型系统，胎儿的血型由父母双方的血型基因所决定。如果从父方遗传来的血型抗原恰为母体所缺乏，即胎儿的血型表现与父亲相同。在妊娠过程中胎儿的血型抗原随着妊娠的发展，绒毛的增长而通过破裂的毛细血管进入母体血液循环系统，引起母体的免疫系统产生此类抗体;此类抗体可通过胎盘进入胎儿的血液循环系统，导致新生儿溶血。血型抗原属于igg类，可以通过胎盘屏障，但多在第二次妊娠时引起明显的免疫反应。
胚胎血型抗原主要有a抗原、b抗原和h抗原。此类抗原在妊娠第6周出现于大部分的胚胎组织中，随着妊娠的发展，此类抗原在胚胎的组织中逐渐减少，到妊娠12周时除在胚胎的红细胞膜表面可测出此类抗原。胎儿红细胞膜表面的胚胎血型抗原无论在数量上还是质量上均与成熟的红细胞膜表面的血型抗原有明显的差异。由于胎儿红细胞膜表面仅有极少量的此类抗原位点,所以a型和b型胎儿红细胞膜表面仅有极少量的抗a和抗b抗体。此外，a型抗原分a1及a2亚型，所以在a型胎儿红细胞膜表面的胚胎血型抗原只是a2型抗原。
抗原在妊娠的38天即可检测出来，rh因子位于红细胞膜的表面。rh血型系统有6个抗原，分别以c、d、e、c、d、e来表示，其中大写字母代表rh阳性，小写字母代表rh阴性;与次6个抗原相对应的抗体分别为抗c、抗d、抗e、抗c、抗d和抗e抗体，其中e抗体至今尚未被证实,故实际上只有5个抗原和相应的5个抗体。每个抗原都有相应的基因位点，每一个基因位点上分别由一对基因中的任何一个占据。rh血型系统6种抗原的抗原性强度依次为d>e>c>c>e>d。
由于d抗原的抗原性最强，所以称含有d抗原的红细胞为rh阳性，而不含d抗原的红细胞为rh阴性。rh血型不合发身发生于母胎之间，孕妇为rh阴性而胎儿为rh阳性，胎儿的红细胞中rh阳性抗原经胎盘进入母体血液循环刺激母体产生抗rh抗体，此类免疫反应在妊娠6周时就可发生，亦即在妊娠6周时胚胎红细胞rh抗原已开始具备有刺激母体免疫系统产生抗rh抗体的作用,所以在妊娠第6周时即可从孕妇血清中检测出此类抗体。这类抗体属于免疫球蛋白，一般首先产生的抗体为igm，由于次抗体为一种完全抗体，分子量大，不能通过胎盘,所以与rh溶血无关;当母体的免疫系统继续受到rh抗原的刺激后即产生igg,这是一种不完全抗体，分子量较小，可通过胎盘引起rh溶血。
此外，母子abo血型不合也可引起新生儿溶血症,多发于第二胎及以后胎次。a、b血型抗原除红细胞外，其他细胞上亦有，且多数人为分泌型，血清中亦含有此类血型抗原。所以对胎儿完整红细胞的影响较小,因而母子abo血型不符的新生儿溶血症发生率虽较高，但严重性一般比母子rh血型较轻。
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