1.脑脊液常规约1/3的ms患者特别是急性发病、恶化型的病例，脑脊液常有轻度到中度的单核细胞增多(通常少于50×106/l)。在进展型视神经脊髓炎患者和某些脑干脱髓鞘疾患，细胞总数可达100×106/l在急性高峰病情下细胞比例可以多核白细胞为主。细胞数增减反映疾病的活动性
约40%的患者，csf中的总蛋白含量升高蛋白增多是轻度的，蛋白的浓度超过100mg/dl在ms很少见更为重要的是在2/3的患者γ-球蛋白(主要为igg)的比例增加(超过总蛋白的12%)
2.另一种诊断是通过测定血清和脑脊液中白蛋白和γ-球蛋白的比值监测igg指数。igg指数由以下公式得到：csfig÷血清ig/csf白蛋白÷血清白蛋白。比值大于1.7为可能性ms已经证明ms患者csf中γ-球蛋白是在cns合成的，在琼脂电泳中被分离有异常泳带称为寡克隆带(igg)这种寡克隆带也可见于梅毒和亚急性硬化全脑炎患者的csf。
csf出现的寡克隆带不会在血液中出现，这对早期诊断非典型ms具有特殊的意义。具有寡克隆带的首次发作的ms可预测为慢性复发性ms。很多患者在急性期csf中含有高浓度的髓鞘碱性蛋白(mbp)；在慢性进展期mbp含量较低或正常；在疾病的缓解期mbp含量正常其他破坏髓鞘的病损(如梗死)也可增加mbp的水平因此，这一测定指标对诊断无特异性。
将细胞数、总蛋白γ-球蛋白和寡克隆带都考虑在内，大多数患者会发现脑脊液异常。目前，测定csf中作为总蛋白一个组分的γ-球蛋白和寡克隆带是ms最可靠得化学检测方法
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