男性患者的主诉可有瘙痒、外伤摩擦后出血、以及大的疣体继发感染后有恶臭。尿道内尖锐湿疣通常无症状，但脆性损害可引起血尿，很大的疣体则会引起尿路梗阻。
女性尖锐湿疣好发于阴唇、阴蒂、宫颈、阴道,疣体的根部缩窄或有蒂。白带多呈黄色,恶臭,性交疼痛，并逐渐增大增多呈乳头状、菜花状或肉芽状.女性尖锐湿疣患者的大阴唇及肛门周围有乳头瘤样肿物增殖，病变损害处呈灰白色,则提示为尖锐湿疣病毒感染.如果该病毒(HPV)由孕妇传染给了新生儿，受感染的患儿会发生喉乳头瘤。
如果尖锐湿疣是继发感染，还出产生恶臭。个别没有明显症状的患者可表现为亚临床感染或潜伏(隐性)感染。由于尖锐湿疣非常容易复发，因此建议要正确认识尖锐湿疣的早期症状，早发现早治疗，针对病症对症下药，直到治愈为止。
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