对于患者来说，强直性脊柱炎极有可能会导致多个并发症的出现，对于心脏、耳部、眼部、肺部以及神经系统等等都会造成不同程度的损害，强直性脊柱炎的患者应该更加注意身体发出的预警信号，以免引起并发症，对于病情的控制以及治疗也会变得棘手。
1.心脏病变
以主动脉瓣病变较为常见，据尸检发同约25%AS病例有主动脉根部病变，心脏受累在临床上可无症状，亦可有明显表现。
2.眼部病变
长期随房，25%AS病人有结膜炎、虹膜炎、眼色素层炎或葡萄膜炎，后者偶可并发自发性眼前房出血。虹膜炎易复发，病情越长发生率愈高，但与脊柱炎的严重程度无关，有周围关节病者常见，少数可先于脊柱炎发生。眼部疾病常为自限性，有时需用皮质激素治疗，有的未经恰当治疗可致青光眼或失明。
3.耳部病变
Gamilleri等报道42例AS病人中1/2例(29%)发生慢性中耳炎，为正常对照的4倍，而且，在发生慢性中耳炎的AS病人中，其关节外明显多于无慢性中耳炎的AS病人。
4.肺部病变
少数AS病人后期可并发上肺叶斑点状不规则的纤维化病变，表现为咳痰、气喘、甚至咯血，并可能伴有反复发作的肺炎或胸膜炎。X线检查显示双侧肺上叶弥漫性纤维化，可有囊肿形成与实质破坏，类似结核，需加以鉴别。
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