目前对克罗恩病术后复发的临床治疗仍无标准化治疗指南，除在术前营养支持治疗、围手术期对症治疗外，胃肠内科和外科专家应一起病历讨论，根据病人的情况制定合理的手术切除方案，术后应嘱托患者戒烟，增强营养支持治疗。
1.5-氨基水杨酸：使用5-氨基水杨酸类药物预防性降低克罗恩病术后复发仍然存在着争议，既往临床分析发现术后口服5-氨基水杨酸可以降低克罗恩病的术后复发率和肠黏膜炎症程度，但来自意大利的大宗病例临床荟萃分析发现5-氨基水杨酸仅能降低18%患者的内镜下复发。基于5-氨基水杨酸有限作用，对于一些无症状的低危患者无需预防性治疗。欧洲IBD共识指南推荐>2g/d的5-氨基水杨酸预防性治疗可以降低克罗恩病术后复发。
2.糖皮质激素：临床研究显示糖皮质激素可能对部分病人有效，可以缓解吻合口以及近端黏膜炎症反应，但因长期使用伴随有严重副作用，临床疗效仍有待观察，但对预防克罗恩病术后复发是无效的。
3.抗生素：文献报道手术后7天内开始使用甲硝唑(20mg/kg/d)，连续3月，明显降低克罗恩病术后内镜下复发。其他研究发现术后使用奥硝唑(1g/d)治疗1年后克罗恩病临床复发率亦显著降低。尽管使用这类药物使克罗恩病临床复发有降低趋势，但因长期使用有严重的并发症，临床应用受限。
4.免疫抑制剂：硫唑嘌呤/6-巯基嘌呤(AZA/6-MP)可有效地治疗克罗恩病，控制症状，维持病情缓解，且可以有效地控制克罗恩病术后复发。术后2-4周开始使用AZA(2-2.5mg/kg)治疗，3月后结肠镜检查发现内镜下复发率为34.3%，而对照组为52.6%;1年治疗后结肠镜检查发现内镜下复发为43.7%，而对照组有69%，且AZA治疗后内镜下黏膜炎症分级也显著降低。临床研究发现术后长期维持AZA治疗3年以上者，5年存活率也显著延长。而氨甲喋呤(MTX)在克罗恩病术后复发的临床治疗中报道甚少。
5.益生菌：尽管研究发现粪便内细菌抗原在克罗恩病术后复发中起着重要作用，且术后复发多在细菌浓度较高的吻合口和近端小肠区域，但临床研究发现益生菌治疗对克罗恩病术后复发的疗效仍不肯定。
6.生物免疫治疗：近期报道在手术后2-4周后静脉使用infliximab(5mg/kg)治疗，第0、2、6周各一次，然后间隔8周使用一次，1年后内镜下观察发现黏膜炎症复发率为9.1%，显著低于对照组84.6%，内镜下黏膜炎症分级也明显降低;组织病理学检查发现炎症复发率为27%，明显低于对照组85%;而临床症状缓解率为90.9%，明显高于对照组15.4%;克罗恩病AI积分也处于较低的水平。因此，抗TNF单克隆抗体在控制克罗恩病患者的临床症状、维持缓解和预防术后复发中起着极其重要的作用。
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