常用的分离方法有细胞接种和乳鼠接种。1998年人们开始用人肺系细胞(MRC-5)分离CoxA16等毒株，其敏感性好且接种病毒后出现细胞病变较快。人源细胞如W1-38、横纹肌瘤细胞(RD)也都可用于病毒分离。RD细胞支持大多数柯萨奇A组病毒复制，但一般要经过2次以上传代才出现明显病变，若在使用RD细胞分离的同时再增加1株L20B或Hep-2细胞，可提高肠道病毒的分离率。为提高细胞对肠道病毒的敏感性，还可在细胞接种前用50μg/ml的5-碘脱氧尿嘧啶处理3天。对一些不能在细胞上生长的病毒，可用乳鼠接种分离病毒。埃可病毒一般不引起乳鼠发病,多由脑脊液分离,粪便中不易检出。
肠道病毒型特异性鉴定主要靠血清中和实验，LMB组合血清可大大简化鉴定过程，但是有些毒株的中和作用不稳定，仍需由单价血清来鉴定，另一要注意的是病毒颗粒的集聚会影响中和效果，如EV71的中和实验就需要使用单个分散的病毒。
近年来，PCR技术已成为诊断肠道病毒感染最常用的一种方法。PCR测序技术则可用于肠道病毒分型。
手足口病抗体检测的最常用方法目前仍是中和实验，该方法精确且具有型特异性。
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