对于细菌性的前列腺炎患者来说，抗生素治疗肯定是最好的治疗方式。由于患慢性细菌性前列腺炎时，多种抗生素难以弥散到前列腺组织内的感染病灶而达到杀菌作用，医生大多选用长疗程足量有效的抗生素进行治疗。于发作期间有症状的患者用药可以长达12周，对于发作期间无症状的患者一般6周左右就可以了。对于反复发作的患者，预防性的应用抗生素也是有必要的。
对于慢性非细菌性前列腺炎的患者，由于可能感染某些难以培养或鉴别的病原体，给予2～4周的抗生素治疗同样是必要的。如果症状改善，则可以再应用2～4周;而如果效果不明显，则需要重新调整治疗方案。应用抗生素治疗慢性非细菌性前列腺炎疗程一般不超过8周，长时间应用抗生素不仅不能够杀灭耐药的残存病原体，还可能导致菌群失调甚至二重感染。
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