重症肌无力一般为慢性病程，具有缓解和复发的倾向，不同病人的病程可能有很大的不同，眼肌型病人可在20～30年内不出现其它肌肉受累的症状。延髓肌和呼吸肌受累的病人预后较差，但也可显著缓解并持续数年之久。以急性暴发性起病者可在数周或数月内死亡。
病程末期，病员常卧床不起，明显消瘦。文献报告重症肌无力死亡率为5.7%，肌无力危象病死率为15，4～50%，起病第一年残废率最高，反复感染，呼吸肌麻痹，激素治疗不当，以及合并心肌损害突发心跳停止等均为死亡原因。
一般说来，以眼肌无力作为首发症状者，预后最好，合并甲亢、心肌病变时预后差。病程一年内出现肌无力危象预后不佳。全身型易发生肌无力危象，与预后密切相关。
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