尖锐湿疣是一种易复发的疾病，一次治疗后的复发率是40%~60%。复发的原因与治疗的深浅、范围和亚临床感染都有关。局部引起尖锐湿疣的环境（如外阴的微小创伤、细菌真菌感染）以及不当的生活方式也可能导致复发。尖锐湿疣易与其他非性病的皮肤病相混淆，发现生殖器皮肤有异常，应到正规医院的皮肤性病专科就诊。
治疗尖锐湿疣，应到正规医院皮肤性病专科就医，不要到小诊所就诊，也不要听信广告或网上传言自行治疗，以防用药不当导致患处腐烂、水肿或溃疡，加重病情。尖锐湿疣的“小肉粒”虽然只长在表皮表面，但病毒早已进入表皮深部，因此即使“小肉粒”可轻易抠掉，但病毒依然存在。对于反复发作的男性尖锐湿疣，包皮过长可能是易感因素之一，应切除包皮为宜。
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