呼吸系统感染疾病的一个病因是病毒，病毒可恶之处是它们感染病毒感染之后，往往影响到免疫系统，引起免疫系统功能的暂时性(大多数)或永久性(极少数)的抑制。到底“暂时”要多长时间虽然还难以确定，但如果在这段“暂时性”免疫力不足的时间内，不注意保护孩子，就很容易使孩子再发生呼吸道感染。而每感染一次，免疫力受到抑制一次，其恢复正常的时间就会拉长，下次感染的机会更容易。
呼吸系统疾病的原因可归纳为以下几类：
(1)肿瘤.原发性肿瘤以支气管癌为最为常见。肺部转移性肿瘤，常为多发性的;其原发病灶多见于胃肠道、泌尿生殖器官、乳腺、皮肤、骨等
(2)粉尘和有害气体。生产性粉尘引起的尘肺以矽肺、煤矽肺、石棉肺为最常见。有害气体如二氧化硫、氮氧化物、氯化物，以及其它化学因素或生物因素均可引起支气管、肺部疾病。
(3)感染，在呼吸系统疾病中，以感染最为常见。其病原体有病毒、克立次体、衣原体、支原体、细菌、人霉菌等，原发性感染往往是由于吸入了这些病原体。病毒感染尤以上呼吸道较常见，多伴有继发性细菌感染。
(4)过敏因素，呼吸系统的很多疾病都与过敏有关。最常见的是支气管哮喘，其次是过敏性肺炎(如外源性变应性肺泡炎，肺嗜酸粒细泡增多性综合征等)。有机粉尘如鸟类曲菌孢子等，皆可对致敏者引起肺炎。许多结缔组织疾病都可以引起肺的组织病变，如肺纤维化间质增生等。
(5)全身疾病的呼吸系统表现。二尖瓣狭窄，左心衰竭常引起肺水肿。同时肺水肿又是某些急性有害气体中毒等多种病因引起的主要临床表现。肝硬化、肾病综合征和营养不良的血浆低蛋白血症，可引起胸腔漏出液。肺毛细血管通透性增高所引起的肺间质水肿，也可见于多种情况，如严重的挤压外伤，中毒性休克等。何杰金氏病，白血病等也可有肺部表现。
(6)此外有一些原因未明的疾病，如肺泡微石症、肺泡蛋白沉着症等。
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