HCV存在着许多基因型，在世界不同地区至少存在6个基因型、50个亚型。HCV基因型分析具有一定的临床价值。因为有研究显示HCV基因型与其致病性、肝细胞癌（HCC）发生及干扰素（IFN）疗效有一定关系。HCV也可应用病毒蛋白抗原性不同进行分型。目前采用这方法可区分HCV基因型（HCV-1、2、3型），但仍不能区分HCV亚型。抗原分型的优点在于成本低、操作方便。HCV基因型与治疗反应率也有密切相关。一般认为HCV-2及3型对IFN的反应优于HCV-1型。
肝硬化及肝癌患者HCV-1b型明显高于慢性肝炎。另外慢性肝炎的HCV-1b型发现率高于无症状献血员及ALT正常的个体。但未发现HCV基因型与肝病严重度、死亡率及肝癌发生率之间有关。HCV-1b型复发丙型肝炎其肝病较其他基因型为重。
因此，有关HCV-1b型是否具有更严重的致病作用还不清楚。由于每一基因型均可分布在各期肝病中，因此HCV基因型不能作为评价肝病严重程度的一个指标。
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