生殖器疱疹大多1～2周即可自愈，治疗的目的是防止复发。目前尚无特效药物，治疗原则为缩短病程，防止继发感染，减少复发。
在治疗上采用局部疗法和全身疗法相结合,局部疗法治疗原则为干燥、收敛、保护患部，防止继发感染，促进皮损尽快愈合。全身治疗可选用抗病毒增强免疫功能的药物，该药副反应少而轻，长期服用可减少复发频率．减轻复发症状。在治疗过程中，患者应在医生的指导下合理、足量、足疗程用药，同时，应加强身体抵抗力，增强机体对病毒的免疫力。性伴侣也应就医，避免酗酒、性交过频、疲乏、感冒等。
局部疗法可外涂2％龙胆紫溶液或选用10％酸铋(代马妥)、氧化锌油膏或泥膏、紫草生地榆油膏、0.5％新霉素软膏，或0.25％～0.1％疱疹净(IDU)软膏、5％疱疹净二甲基亚砜溶液(用于皮肤疱疹)等。对颜面部也有疱疹者可用10％醋酸铝或锌铜合剂。
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