生殖器疱疹病毒感染的临床表现多样，且无症状者多见，其潜伏期有时难以确定。一般潜伏期为病毒感染后的2～20天，平均为4～5天。
原发性生殖器疱疹表现为外生殖器部位广泛对称性分布的多发性红斑、丘疹、水疱，自觉局部疼痛、瘙痒、烧灼感，腹股沟和股部淋巴结也可肿大，常伴有发热、头痛、肌痛、全身不适或乏力等全身症状，并可出现尿道炎、膀胱炎、宫颈炎、咽炎、口唇疱疹、直肠炎，甚至出现脑膜炎症状。原发性生殖器疱疹患者的水疱可在1周内逐渐演变为脓疱，并有破溃、融合，形成糜烂和溃疡，最后结痂、愈合。
复发性生殖器疱疹和原发性生殖器疱疹相比，只是皮损数目较少，皮损分布不对称，全身症状少见，复发前常有“先兆”症状，如会阴部、臀股部的瘙痒、烧灼感、刺痛、隐痛、麻木感和会阴坠胀感等。
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