朗格汉斯细胞组织细胞增生症患者的并发症取决于浸润的器官。
1、Hand-Schüller-Christian，肺和骨最常受累，表现为骨质缺损，眼眶部位肿块可引起突眼，视神经或眼球肌受侵犯导致视力减退或斜视，由于齿龈和下颌浸润而引起牙齿脱落。长骨上的病损酷似Ew-ing肉瘤。
2、颞骨乳突和岩状部位受侵犯所引起的慢性中耳炎和外耳炎较为常见。
3、部分病例可发生尿崩症，主要见于有全身性疾病和眼眶及颅骨受侵犯的患儿。部分朗格汉斯细胞组织细胞增生症患儿表现为侏儒。下丘脑浸润可引起高催乳素血症和低促性腺激素血症。
4、Letterer-Siwe病中皮肤损伤可成为侵犯的门户，导致脓毒血症。常见耳溢脓，淋巴腺病，肝脾肿大。重症患儿可出现肝功能紊乱伴低蛋白血症和凝血因子合成减少，厌食，急躁，体重减轻。并有明显的呼吸道症状(如咳嗽，呼吸急促，气胸)，严重的贫血，有时发生中性粒细胞减少。
