良性头部组织细胞增生症的组织病理检查可见早期损害呈界限清楚的浸润，紧附着在变薄和扁平表皮的下方，浸润中大多数细胞为组织细胞，有多形性胞核，染色质稀疏，有时胞浆呈玻璃状，陈旧性损害，有很少数核位于周边的多核巨细胞。此外可见散在或群集的淋巴细胞和少数嗜酸性粒细胞混合存在。免疫组化检查组织细胞S-100蛋白和CDIa(OKT6)阴性，CD11b和CD4阳性。超微检查见所有组织细胞内均有许多直径500～1500mm的膜被小体，几乎1/4的组织细胞内见由两层约6mm的电子微密膜和中间约8mm透亮间隙所形成的逗点样小体。此逗点样小体，并无诊断价值，因为此种类似小体亦见于黄色肉芽肿。全身性发疹性组织细胞增生症，朗格汉斯细胞组织细胞增生症和先天性自愈性朗格汉斯组织细胞增生症。
