曲霉菌病一旦确诊，应积极治疗原发病，去除病因。严格掌握抗生素、糖皮质激素和免疫抑制剂的用药指征，尽可能少用或不用这些药物。加强护理和支持疗法，补充维生素和微量元素。
1、应首先在感染部位采取标本进行涂片检查及培养，找到病原真菌时方可确诊。自无菌部位采取的标本培养阳性者为疑似病例；
2、根据感染部位、病原菌种类选择用药，如制霉菌素、二性霉素B为多烯类抗生素、5—氟胞嘧啶、克霉唑为广谱抗真菌药、酮康唑合成的口服咪唑类抗真菌药、氟康唑；
3、疗程需较长，一般为6～12周或更长；
4、严重感染的治疗应联合应用具有协同作用的抗真菌药物，并应静脉给药，以增强疗效并延缓耐药菌株的产生；
5、在应用抗真菌药物的同时，应积极治疗可能存在的基础疾病，增强机体免疫功能；
6、有指征时需进行外科手术治疗。
