中医理论中，乙肝的病机是由于内蕴胎毒，外感时邪，病毒从口而入或注射，输液、输血等交叉感染，蕴藏体内，蓄积肝脏，郁久成瘀，化热、化燥，复受七情、六淫、饮食、劳倦而诱发本病。乙肝的中医治疗遵循以下的原则：
乙肝的治疗法则是先辨病后辨证，使治疗更具有系统连贯性。再在辨病与辨证的前提下结合病者的体质差异、根据不同的病理阶段，灵活运用扶正与抗毒，并紧密结合HBsAg与HBeAg内在联系的辨证法为基本点，形成多条灵活的用药法则，才能获得最佳疗效。如果只辨病不辨证，开出的处方针对性不强；如迁就病人仅凭化验单开药或长期服用各种中成药疗效甚微，这是不加辨证盲目用药的恶果。遵照“治病求本，谨守病机”的法则。
乙肝是正虚邪实之证，以扶正与抗毒同时使用为主要治疗手段。大三阳重用解毒之剂；小三阳重用扶正之品。动态观察实践说明HBsAg与HBeAg阳性的关系是病邪未尽与正气未虚和病邪未祛与正气己伤的关系。依照具体病情制定主次先后用药之度，使处方用药显得辨病不失辨证，辨证不遗辩病，二者相合，恰到好处，才能收到事半功倍之效。
在乙肝小三阳DNA检测呈阴性，肝功能正常这种情况下，若只是一味追求表面抗原转阴，无疑只会增加肝脏负担，甚至可能导致不良的后果产生。
当然乙肝小三阳治疗上也不可坐以待毙，因为肝功、DNA均正常的乙肝小三阳，通过肝穿刺活组织检查往往发现，90％的患者肝脏有慢性炎症活动，且有肝纤维化的倾向，部分甚至已经出现早期的肝硬化，因此，治疗上不可马虎大意，并且这部分乙肝小三阳应该考虑进行抗纤维化治疗，通过中药调理，调免、保肝、抗纤维化的综合治疗，无疑对预防肝硬化的发生和发展起到至关重要的作用。
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