松果体瘤主要通过垂体激素的测定及其动态功能检查和影像学检查如头部MRI确诊。垂体激素的测定有助于垂体腺瘤尤其是激素分泌性垂体腺瘤的鉴别；血和脑脊液、HCG测定有助于生殖细胞瘤的诊断，应用敏感的放免法测定AFP和β-HCG作为诊断松果体瘤的常规方法。各项检查均有如下特点：
1、HCG-βAFP
松果体区激素分泌性生殖细胞瘤患者脑脊液内HCG-βAFP水平增高。
2、脑脊液脱落细胞学检查
该项检查对诊断生殖细胞瘤松果体母细胞瘤最有价值，因这两种肿瘤细胞易脱落，出现脑脊液内种植，如脑脊液脱落细胞学检查发现病理细胞即可明确诊断。
3、羟基吲哚-氧-甲基转移酶(HIOMT)
羟基吲哚-氧-甲基转移酶(HIOMT)是褪黑素生物合成最后步骤的关键酶。
4、CT或MRI检查
CT是松果体肿瘤的首选检查，可做增强及冠状面扫描CT引导活检可于病灶局部获取组织明确病理诊断。MRI对松果体母细胞瘤诊断有独到优点，松果体母细胞瘤起源于松果体腺恶性程度大，具有浸润性、生长快、易转移、病人存活期短，因而早期诊断治疗十分重要。MRI显示松果体肿瘤区域的高信号以及清晰可见肿瘤侵入第三脑室的程度。
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