本病主要与滴虫性阴道炎及由滴虫引起的男性非淋病性尿道炎相鉴别。
1、滴虫性阴道炎：阴道分泌物增多呈泡沫状，有时可呈浆液性或脓性，味恶臭。并可有尿道炎，膀胱炎，宫颈炎，尿道旁腺及巴氏腺感染，偶有肾孟肾炎。可出现排尿困难、血尿及夜尿。阴道检查可见宫颈充血，阴道壁充血，水肿，并有出血点，呈草莓状外观的特征性表现。可查到阴道毛滴虫。
2、男性非淋菌性尿道炎：症状较淋病轻，表现为尿道瘙痒，不适或排尿困难，可有脓性分泌物，亦可引起膀胱炎，前列腺炎或附睾炎，尿道分泌物可查到滴虫细菌性阴道病无外阴炎的刺激症状或体征，阴道分泌物为稀薄而均匀一
3、外阴皮肤病：外阴阴道念珠菌病还需与有外阴瘙痒或刺激症状的湿疹、神经性皮炎、外阴瘙痒症、扁平苔藓等皮肤病进行鉴别。这些皮肤病仅有外阴瘙痒和（或）外阴炎的症状和体征，无阴道炎表现，阴道分泌物做真菌镜检或培养为阴性。
4、其他：如包皮龟头炎。
