过去认为Whipple病为不治之症，近年来由于对本病病原的研究及使用抗生素治疗，病人可治愈而恢复健康。治疗除采取一般对症治疗外，主要是抗生素治疗。普鲁卡因青霉素Ｇ120万单位及链霉素1.0g，每日肌肉注射各1次共10～14天，后改为四环素0.5g，4/d口服维持数月。治程过短易复发，治疗开始后病人症状改善，体重增加。但症状完全消失需数月至数年，组织学恢复则更慢。其他抗生素如氯霉素、氨苄青霉素、强力霉素以及SMZ（磺胺甲恶唑）均可选用。
