Whipple病是由于细菌感染引起，病原菌经口而入，故注意饮食卫生是预防本病的根本措施。其次应加强体育锻炼，提高自身免疫力。在服用抗生素期间可以每天喝一杯酸奶，酸奶中含有的双歧杆菌不仅可以减轻抗生素的副作用，还能促进消化。服用抗生素后不能吃水果，特别是味酸的水果会大大降低药效，延误治疗，造成严重后果。
