新生儿衣原体感染主要发生新生儿包涵体结膜炎和衣原体肺炎。衣原体肺炎起病多隐袭，潜伏期为15-23天，儿童和青少年感染病情通常较轻，而成人病情较重，特别是已有慢性疾病或重复感染的老年。衣原体肺炎临床表现与其他非典型病原体如支原体、呼吸道病毒感染无明显特异性。衣原体肺炎早期多表现为上呼吸道感染症状，如鼻炎、咽喉痛、声音嘶哑等。
