冠状动脉瘘一经确诊均应手术治疗。随着年龄增长，病人出现并发症较多，常见如下：
一、心力衰竭
心脏结构或功能性疾病导致心室充盈及（或）射血能力受损而引起的一组综合征。由于心室收缩功能下降，射血功能受损，心排血量不能满足机体代谢的需要，器官、组织血液灌注不足，同时出现肺循环和（或）体循环淤血。其临床表现主要是呼吸困难，无力而致体力活动受限和水肿。
二、细菌性心内膜炎
心内膜是心脏的最里层，包括心脏的瓣膜和心房和心室壁。当细菌进入血液后，随血液周游全身各个器官。当流经心脏时，因心房及心室壁光滑，不可能落脚停留。但当瓣膜有炎症或损伤时，细菌可以停留下来，在此生长繁殖，并引起瓣膜发炎。另外，当有房间隔缺损或室间隔缺损时，血流经过缺损时形成旋涡，细菌也可在缺损处停留而引起炎症。
三、瘘管破裂
瘘管破裂可致出血，造成猝死的严重并发症。
