先天性肾病综合征主要并发继发性甲状腺功能低下、栓塞、后期血压增高等，亦可有以下并发症的出现。 1、芬兰型：因蛋白尿迅速增多导致肾病综合征，出现严重的全身水肿及腹水，常并发感染、血栓及生长发育障碍或肾功能衰竭。患儿多在1岁内因肾病综合征并发感染或肾功能衰竭而死亡。 2、非芬兰型：该病少数患儿可并发Drash综合征，呈现男性假两性畸形和(或)Wilms瘤。
