20世纪40年代，研究认为感染、先天性心脏病、损伤和生后脐动脉变化为新生儿肾静脉血栓可能的发病原因。此后，研究人员对新生儿肾静脉血栓的不断观察研究，对其可能的发病原因提出了不同观点。到目前为止，研究人员普遍认为新生儿肾静脉血栓的病因主要有以下几种：
1、肾脏原发疾病
早期报道的新生儿肾静脉血栓均由于肾病综合征时肾局部高凝状态所引起。但与新生儿肾静脉血栓相关的新生儿肾脏原发疾病很少见，仅有先天性肾病综合征或肾脏肿瘤。
2、肾血管蒂受累
腹膜后脓肿或脐静脉插管可引起的肾(主)静脉循环障碍，可诱发新生儿肾静脉血栓。
3、血液黏滞度增高
生理状态下新生儿外周血中红细胞较多。喂食不足、产伤、窒息、缺氧、缺血等原因使血液浓稠，血黏滞度呈指数增加。
4、肾血流量减少
感染、休克、母亲妊娠高血压综合征或糖尿病等原因可使肾血流量减少，从而诱发新生儿肾静脉血栓。
