小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎的病因尚不清楚。由于有家族聚集现象，常在同一家族的几代人中发生，并常合并其他的自身免疫性疾病，如恶性贫血、糖尿病、肾上腺功能不全等，故认为本病是环境因素和遗传因素共同作用的结果。环境因素的影响主要包括感染和膳食中的碘化物。
