小儿埃可及柯萨奇病毒感染时，临床表现极为多样化，常为多种表现同时存在。
一、神经系统感染
1、脑膜脑炎
一般认为该两种病毒可引起脑炎及无菌性脑膜炎综合征。一般发病急，均有发热，轻重不等，以轻型为多。轻者可无脑膜脑炎的临床表现及体征，脑脊液检查异常才被发现。常见症状和体征有恶心、呕吐、头痛、脑膜刺激症状等。同时伴有咽痛、腹痛、腹泻等非特异性表现。
2、瘫痪疾病
与脊髓灰质炎相比，该两种病毒引起瘫痪发生率较低。患者症状轻、恢复快、预后好。
二、心脏疾病
此两种病毒可引起心肌-心包炎。新生儿患病可为胎内感染，病情重、预后差，可发生猝死或慢性充血性心力衰竭。心肌-心包炎的轻重程度悬殊，轻者仅有心电图改变，重者出现面色苍白、发绀、咳嗽、呼吸困难、心率增快、心脏扩大、心音低钝、肺部啰音，肝脏增大等表现。
三、呼吸道感染
埃可及柯萨奇病毒许多型可引起上呼吸道感染，少数引起下呼吸道感染。由于型别不同，同一患儿可多次发生。患儿突然出现发热、咽痛、头痛、腹痛。咽部初起充血，继而出现灰白色疱疹。疱疹破崩，形成黄色溃疡。
四、发疹性疾病
皮疹出现于其他部位感染时，仅为一种表现。皮疹的形态、数量和分布变化多，可为斑疹、斑丘疹、水疱疹、荨麻疹、偶见瘀点。皮疹部位不定，一般2～4天消退，不留痕迹。有一种手足口病，主要由柯萨奇病毒A16、A5、A10引起，多见于4岁以内年幼儿。其特点为口腔内见小疱疹或溃疡，位于舌、颊黏膜及硬腭处，偶见于软腭、牙龈、扁桃体。
五、腹泻
腹泻可见于四季，尤以夏秋季为多。埃可及柯萨奇病毒感染为婴幼儿腹泻的常见病因。患儿大便多为黄色或黄绿色稀便，可带黏液，偶见少量血液。
六、其他疾病
患者尚可见流行性胸痛或肌痛，尚有四肢肌肉酸痛和全身肌痛。疼痛程度不等。轻者感紧压样及胀痛，重者似刀割、针刺。胸腹痛时咳嗽及深呼吸时加剧，腹部可有压痛，甚至出现腹肌痉挛及强直。
