严重急性呼吸综合征的治疗原则是按呼吸道传染病隔离和护理疑似病例与临床诊断病例分开收治。密切观察病情变化，监测症状、体温、呼吸频率、SpO2或动脉血气分析、血象、胸片（早期复查间隔时间不超3天），以及心、肝、肾功能等，提供足够的维生素和热量，保持水、电解质平衡。患者在隔离初期，往往有沮丧、绝望或孤立无援的感觉，影响病情的恢复，故关心安慰患者，给予心理辅导尤为重要。一般治疗的具体方法如下：
1、卧床休息。
2、避免剧烈咳嗽，咳嗽剧烈者给予镇咳，咳痰者给予祛痰药。
3、发热超过38.5℃者，可使用解热镇痛药，儿童忌用阿司匹林，因可能引起Reye综合征，或给予冰敷、酒精擦浴等物理降温。
4、有心、肝、肾等器官功能损害，应该做相应的处理。氧疗出现气促或Pa02〈70mmHg或Sp02〈93％者，应给予持续鼻导管或面罩吸氧。
鼻导管或鼻塞给氧是常用而简单的方法，适用于低浓度给氧，患者易于接受，缺点是吸入氧浓度不稳定，而当吸氧浓度〉5L/min时，患者常不能耐受。面罩上有调节装置，可调节罩内氧浓度，它能产生24％～50％的吸入氧浓度，且不受通气比率、呼吸类型和通气量的影响，不需湿化，耗氧量较少。气管插管或切开经插管或切开处射流给氧，效果好，且有利于呼吸道分泌物的排出和保持气道通畅。呼吸机给氧是最佳的氧疗途径和方法，但技术要求高，且易产生并发症，常用于重症患者的抢救。
5、治疗并发和（或）继发细菌感染根据临床情况，选用适当的抗感染药物，如大环内酯类、氟喹诺酮类、去甲万古霉素（norvancomycin）等。
6、早期可试用抗病毒药物目前推荐使用利巴韦林，其疗效仍有争议。
7、重症患者可试用增强免疫功能的药物恢复期患者血清疗法只在个别患者使用过，其疗效和风险尚无文献评估。人血丙种球蛋白对继发感染者有一定功效。胸腺素和干扰素等药，其疗效与风险需进一步评估。
8、可选用中药辅助治疗其改善临床症状的功用较明显。
本病是自限性疾病，大部分患者经综合性治疗后出现缓解或痊愈出院，少数患者可进展至急性呼吸窘迫综合征甚至死亡。我国患者的病死率约7％，全球平均病死率约11％，重症患者、患有其他基础疾病以及年龄大的患者病死率明显升高。少数重症病例出院后随访发现肺部有不同程度的纤维化，亦有股骨、关节坏死和积液的报道。
