衣原体尿路感染的临床检查手段主要有取尿道分泌物涂片镜检和病原学检查，具体如下：
1、取尿道分泌物涂片镜检
(男性患者可从阴茎根部向尿道口轻轻挤按尿道，以求获得较多分泌物；无分泌物患者留晨尿离心取沉渣镜检)，高倍镜下(400×)白细胞10～15个以上，油镜下(1000×)白细胞5个以上，无革兰阴性双球菌，即应高度疑此病。
2、病原学检查
沙眼衣原体培养需特殊实验条件，广泛应用较难，现多用特异性单克隆抗体染分泌物涂片，用免疫荧光或免疫酶标技术观察，阳性率达90％以上，核酸扩增法如聚合酶链反应(PCR)和连接酶链反应(LCR)有极好的敏感性。但PCR不推荐用于确诊病人是否治愈，至少不用于治疗结束2周以内的患者，因为对充分治疗的病例，PCR结果阳性的持续时间比培养法长。
