IgA肾病的确切发病机理尚未完全清楚，多种因素和发病有关。目前比较一致的看法是IgA肾病属免疫复合物引起的肾小球疾病。
1、与免疫系统的关系：IgA肾病主要是以多聚体IgA(PIgA)在肾小球沉积，表明了IgA免疫系统导致了PIgA分子的在循环系统中出现和肾小球系膜区的沉积。
2、与骨髓的关系：肾小球系膜区沉积的IgA1，且存在于血液中IgA-1相似的铰链区糖基化异常，提示IgA肾病患者沉积在肾小球系膜区的IgA为骨髓源性IgA。
3、与细胞因子的关系：IgA肾病患者系膜区沉积的IgA-1引起系膜细胞分泌炎症因子。
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