原发性阿米巴脑膜脑炎尚无疫苗。避免在不流动的湖塘水或温热水中游泳，尽量做到不要潜入水中，或避免让水溅入鼻腔内。近来认为对游泳池和旋转池等水体使用氯气进行全面消毒是有效的。据澳大利亚国际健康与医疗研究委员会建议在游泳池内使用氯气的标准量是当水温低于26℃时，氯气浓度为1mg/L；高于26℃时，至少2mg/L；高于28℃时，应达到3mg/L。
